В современном мире боги существуют на самом деле. Людей, способных использовать сверхъестественную силу, называют химико, а те, кто проходит специальную подготовку и получает государственную квалификацию, становятся настоящими богами. Для обычной японской школьницы Наги Химия все это кажется далеким от ее повседневной жизни. Девушка живет при семейном святилище, которое после смерти ее бабушки постепенно приходит в упадок. Ее брат-близнец Такэру унаследовал способности химико, но после трагического происшествия почти не выходит из комнаты, поэтому забота о святилище фактически ложится на Наги. Все меняется, когда в окрестностях пропадает ребенок. Наги отправляется на поиски и находит его в лесу, но неожиданно сталкивается с чужой божественной силой. Оказавшись в опасности, девушка сама пробуждает неизвестную способность и спасает ребенка. После этого Наги встречает высокопоставленного бога Цукуёми, который замечает в ней необычный потенциал. Именно благодаря его рекомендации она получает приглашение в престижную Каннагара-академию, известную как школа богов.
Наги решает принять предложение, надеясь восстановить семейное святилище и разобраться в собственных силах. Однако уже после поступления становится ясно, что среди учеников, обладающих мощными способностями, она выглядит настоящим аутсайдером. Наги не понимает, каким именно даром обладает, а ее результаты на занятиях и практических испытаниях оказываются настолько слабыми, что она быстро получает репутацию худшей ученицы. Тем не менее девушка не собирается сдаваться. В школе Наги знакомится с другими учениками и постепенно находит друзей, которые помогают ей привыкнуть к необычной учебе. Среди них оказываются Монака Танака, Мируру Мима, Сагами Осака и Таро Мацуда, а позднее к их группе присоединяется загадочный Тота Эдо. Вместе им предстоит проходить испытания, участвовать в школьных мероприятиях и сталкиваться с ситуациями, где обычных знаний оказывается недостаточно. Постепенно учеба Наги начинает переплетаться с тайнами ее семьи. За странным поведением Такэру, смертью бабушки и исчезновением прежнего бога, связанного с их святилищем, скрывается история, о которой Наги долго ничего не знала. Чем больше девушка узнает о мире богов, тем сильнее понимает, что ее собственная способность может быть связана с событиями прошлого. Теперь ей предстоит не только доказать, что она не безнадежная отстающая ученица, но и раскрыть тайну своего происхождения и семьи.
