Аниме «Из Джей в Эм» рассказывает необычную историю двух людей, чьи жизни никак не должны были пересечься. Джей, известный в преступном мире как «Неприкасаемый», является профессиональным наёмным убийцей, привыкшим действовать в одиночку и не оставлять после себя проблем. Его боятся даже те, кто сам связан с криминальным миром, ведь за плечами Джея множество опасных заданий и репутация человека, которого практически невозможно остановить. Совершенно другой жизнью живёт Мэгуми, одинокая школьница, которой неуютно и дома, и в школе. Она привыкла оставаться в стороне от окружающих и совсем не похожа на человека, способного иметь отношение к миру профессиональных убийц. Но случайная встреча с Джеем приводит к невероятному последствию: герои меняются телами и оказываются вынуждены жить чужой жизнью.
Теперь каждому из них приходится изображать другого человека, не раскрывая окружающим произошедшую перемену. Джей оказывается в совершенно непривычных для себя обстоятельствах и впервые сталкивается с повседневными проблемами школьницы, тогда как Мэгуми получает доступ к жизни опасного наёмного убийцы. Ей предстоит привыкнуть к совершенно новому положению и разобраться с миром, который раньше существовал где-то далеко от её собственной жизни.
Ситуация становится ещё сложнее из-за разницы характеров и опыта героев. То, что для Джея является обычной частью профессиональной жизни, для Мэгуми оказывается совершенно чужим, а привычные для неё школьные и бытовые ситуации ставят самого убийцу в не менее непростое положение. Постепенно их вынужденное соседство превращается в череду комичных и опасных ситуаций, где каждому приходится учиться смотреть на мир глазами другого человека. «Из Джей в Эм» сочетает экшен, комедию и историю о смене тел, превращая необычную ситуацию в основу для совершенно непредсказуемого совместного существования. Аниме показывает, насколько по-разному могут воспринимать одну и ту же жизнь профессиональный убийца и одинокая школьница, когда судьба буквально заставляет их поменяться местами.
